Разликата се състои в основните видове стволови клетки, които се изолират – хемопоетични стволови клетки (ХСК) изолирани от кръв от пъпна връв и мезенхимни ствололви клетки (МСК) изолирани от пулпа на зъб, съответно с различни основни медицински приложения.